Trường Tiểu học Bàu Sen, Quận 5 chính thức hoạt động từ năm học 19841985, trường có Quyết định thành lập số 89/QĐUB ngày 18 tháng 07 năm 1984 của Ủy ban nhân dân Quận 5 tại địa chỉ số 106 Nguyễn Trãi, Phường 3, Quận 5, Thành phố Hồ Chí Minh. Năm học 2017-2018, Trường Tiểu học Bàu Sen bắt đầu thực hiện mô hình trường công lập tiên tiến, theo xu thế hội nhập thực hiện theo Quyết định số 3036/QĐ-UBND ngày 20 tháng 6 năm 2014 của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh về tiêu chí trường tiên tiến, theo xu thế hội nhập khu vực và quốc tế tại Thành phố Hồ Chí Minh. Nhà trường đã thực hiện Đề án số 01/ĐA-BS ngày 14 tháng 8 năm 2017 về xây dựng Trường Tiểu học Bàu Sen tiên tiến theo xu thế hội nhập khu vực và quốc tế giai đoạn 2017-2022, số học sinh toàn trường là 976 em với tổng số 30 lớp. Đội ngũ sư phạm nhà trường hiện nay có 80 cán bộ, giáo viên, nhân viên gồm: cán bộ quản lí: 03, giáo viên: 46, nhân viên: 31. Trường đạt kiểm định chất lượng giáo dục cấp độ 2, theo Quyết định số 4131/QĐ-SGDĐT của Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh ngày 19 tháng 12 năm 2023 và được công nhận đạt Chuẩn quốc gia mức độ 1, theo Quyết định số 4130/QĐ- SGDĐT ngày 19 tháng 12 năm 2023 của Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh.
Trường được xây dựng khang trang xanh sạch đẹp có tổng diện tích khuôn viên 8643,6 m2, cấu trúc trường xây dựng quy mô 43 phòng gồm 32 phòng học và 11 phòng chức năng. Mỗi phòng có diện tích 48 m2 đến 60 m2, thoáng mát, đảm bảo ánh sáng, được trang bị tivi thông minh và đầy đủ bàn ghế đúng kích thước phù hợp với tầm vóc của học sinh. Sân trường có diện tích 1200 m2 được bóng cây che mát, có vườn trường, vườn hoa, hồ cá cho học sinh vui chơi, hỗ trợ tốt cho công tác dạy và học.
Mục tiêu: Xây dựng nhà trường có uy tín về chất lượng giáo dục, là mô hình giáo dục tiên tiến phù hợp với xu thế phát triển của đất nước và thời đại.
Tầm nhìn: Trường Tiểu học Bàu Sen là một trường có uy tín trên địa bàn mà phụ huynh học sinh đã đang và sẽ lựa chọn để con em học tập và rèn luyện, nơi giáo viên và học sinh luôn có khát vọng vươn tới. Trường phấn đấu “Trở thành trường tiểu học tiên tiến, hiện đại, đậm đà bản sắc dân tộc; là nơi giáo dục học sinhphát triển toàn diện và trở thành những con người xuất sắc”.
Sứ mệnh: Tạo dựng được môi trường học tập nền nếp, kỷ cương có chất lượng để mỗi học sinh đều có cơ hội phát triển năng lực và tư duy sáng tạo. Với sứ mệnh xây dựng môi trường giáo dục: thân thiện, hiện đại, chất lượng, sáng tạo, hội nhập quốc tế. Nhà trường đã tăng cường tổ chức các hoạt động rèn kỹ năng sống cho học sinh vào buổi 2, hình thành nhân cách, phát triển năng khiếu của học sinh. Các buổi sinh hoạt truyền thống, giao lưu với người đương thời, lễ hội, tham quan dã ngoại, công tác từ thiện... cũng được thầy và trò tích cực tham gia. Nổi bật nhất là phong trào thể dục thể thao, nhà trường đã đạt nhiều huy chương cấp quận, cấp thành phố.
Được sự quan tâm của chính quyền và lãnh đạo ngành, trường đã nỗ lực không ngừng phấn đấu đạt danh hiệu Tập thể Lao động xuất sắc, Bằng khen của Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh nhiều năm liền. Năm học 20182019 nhà trường vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động Hạng II. Nhà trường tiếp tục phấn đấu không ngừng, năm học 20182019, 20192020 và năm học 20202021 trường được tặng Cờ thi đua Thành phố và Bằng khen của Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố. Chi bộ trong sạch vững mạnh tiêu biểu nhiều năm liền, các đoàn thể vững mạnh xuất sắc.
Trong 05 năm gần đây, nhà trường đã đạt được một số thành tích nổi bật cụ thể như sau:
- Chi bộ đạt danh hiệu trong sạch vững mạnh tiêu biểu, hoàn thành tốt và xuất sắc nhiệm vụ năm 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023.
- Từ năm học 2017-2018 đến năm học 2021-2022, nhà trường liên tục đạt: Tập thể Lao động xuất sắc; Công đoàn vững mạnh; Chi đoàn xuất sắc; Liên đội xuất sắc; Cờ thi đua Thành phố năm học 20182019, 20192020 và năm học 20202021; Huân chương Lao động hạng II năm học 2018-2019;
- Đảm bảo chuẩn đầu ra về Tiếng Anh, Tin học cho học sinh niên khoá 2017-2022.